Mira en www.rae.es.
...de raíz:
1. loc. adv. Desde los principios y del todo, quitando los inconvenientes que pueden resultar de algo y la causa de donde provienen. Cortar, arrancar de raíz.

2. loc. adv. Enteramente, o desde el principio hasta el fin de algo.

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Note added at 35 minutos (2007-06-03 16:31:31 GMT)
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Se usa mucho en portugués con ese significado: que no está hecho sobre ningún otro (o parte de alguno) ya existente, sino desde el inicio, o desde los cimientos. Puedes ver aquí un ejemplo de las dos cosas en contraposición:
"Nalguns casos, as primitivas obras foram sobretudo de adaptação de edifícios existentes, tendo-se mais tarde construído hospitais de raiz[...]" en:
http://www.ensp.unl.pt/lgraca/textos143.html

Es otra posibilidad más, fundamentada también en el DRAE.

Al igual que Ernesto y Oitaven, creo que en ese contexto no cabe atribuir a esa expresión otro sentido que el de un edificio de nueva construcción.

Ya por curiosidad he indagado un poco sobre posibles usos de esa expresión en lengua portuguesa y, al menos en apariencia, el único contexto en que está es en «bens de raiz», para referirse a algo que corresponde a lo que en español llamamos bienes raíces, bienes inmuebles.