Der Begriff erschien auch mir zunächst merkwürdig, wird aber in diesem Zusammenhang durchaus verwendet.

Beispiele:

http://www.maskulist.de/Der_Staat.htm -
"Die Beachtung der Studienergebnisse und ein Ansatz, dem Problem nachzugehen, wäre ein dringend benötigter Schritt zur Zivilisierung der Armee, und das zunächst ganz ohne die Frauen. Das wäre aber nur möglich, wenn die wesentlichen Grundrechte Bestandteil des Soldatenlebens blieben, was mit der Praxis der Wehrpflicht nicht vereinbar ist. Herrn Struck und sein Team ließen diese Ergebnisse daher gleichgültig. Wie also müssen wir das geäußerte Interesse des Verteidigungsministers an einer Verbesserung des Lebens in der Armee im Sinne einer Zivilisierung des dort herrschenden Umgangs bewerten?"

http://www.gsoa.ch/gsoa/medien/medien1999.htm -
"Die scheinbare Zivilisierung der Armee bedeutet aber in Wirklichkeit eine Militarisierung des Zivilen. Die Armee stösst in Bereiche vor, für die bisher zivile Instanzen zuständig waren. Damit dehnt sie nicht nur ihren Machtbereich aus, sie verschafft sich damit vor allem neue Legitimation."

http://www.asmz.ch/hefte/artikel.php?artikel=232 -
"Und wie General André Beaufre richtig feststellte «à humaniser la guerre, on la rend possible», sollte erkannt werden, dass eine übermässige Zivilisierung der Armee deren Fähigkeit zur Auftragserfüllung gefährdet."

http://www.sicherheitspolitik.bundeswehr.de/14/23/5/13.php -
"Das innenpolitische Hauptargument der Wehrpflichts-Befürworter ist die demokratische Zivilisierung der Armee durch die ständige Rotation junger Bürger. Dahinter steht die alte Angst vor den Streitkräften als Staat im Staate."

"Zivilisation" würde ich aus naheliegenden Verwechslungsgründen nicht verwenden.